четверг, 5 ноября 2015 г.

Про работу

Ну вот. Не спится мне сегодня что-то, поэтому напишу, как мне там в Стокгольме живется.

Сейчас я в Томске. Люблю я все-таки этот город. Всегда приятно возвращаться в родные места. Ну и зима здесь настоящая. Опять же - жить в таком климате я не хочу, но приезжать периодически очень даже не против.


Так вот. Когда я приехала в Стокгольм, все было ужасно. После первой ночи я даже подумывала о том, чтобы взять обратный билет и бросить все нафиг. Потом пришла на работу, и этим разбавила свою полосу неприятностей. Мой начальник - Франческо - сразу сообщил мне, что самая главная моя задача на первое время - это найти квартиру. Я могу тратить рабочее время на поиск вариантов, звонки, уходить на просмотры. Вторая задача - разобраться с бюрократией.

В первый мой рабочий день меня провели по всему этажу и познакомили с каждым человеком из нашей группы. Организация вообще состоит из 500 человек, которые расположены в 2-х зданиях - альфа и гамма, соединенных между собой через зал на первом этаже - бетта. Каждый этаж - это отдельная структруная единица. Для идентификации рабочего места используется номер этажа. Например, когда спрашивают - ты где работаешь? - в моем случае нужно отвечать - альфа-три.

Кроме этого, каждый этаж может иметь несколько отделов, или групп. На нашем альфа-три этаже есть 2 группы. Моя группа - это National Genomics Infrastucture (NGI), в которой имеется 2 команды - bioinfo и lab. В биоинфо работают программисты, которые вообще-то называются биоинформатики, а в лаборатории работают биологи.



Чем вообще занимается организация. Вообще, клевыми штуками - генетическими исследованиями. Один из интересных проектов - изучение ДНК группы мамонтов, вымерших на острове Врангеля 35-40 тысяч лет назад, т.е. это последние вымершие мамонты на Земле. Остров Врангеля до ледникового периода был горой, но после таяния ледников он стал островом из-за затопления большой территории материка. Небольшая группа мамонтов успела там обосноваться. Другие мамонты, спасшиеся на материке, вымерли на 50-100 тысяч лет раньше.

Короче, в здании есть лаборатории со всяким крутым оборудованием, которое предназначено для расшифровки ДНК. Когда приходят образцы ДНК, биологи подготавливают их, добавляют какую-то химию, разливают по пробиркам, производят какие-то еще манипуляции и засовывают в машину для расшифровки. Эта машина грубо говоря представляет собой камеру с очень высоким разрешением.

Образец ДНК - это очень маленькая фигнюшка, размером в несколько милиметров. ДНК имеет структуру нити. Эта нить состоит из хромосом, а хромосомы состоят из нуклеотидов. Нуклеотиды бывают четырех видов, и обозначаются одной из букв GTAC.  Расшифровка ДНК это - запись последовательности этих нуклеотидов. Агрегат с помощью химии подсвечивает каждый из этих нуклеотидов разным цветом и делает снимок. 1 нуклеотид - 1 снимок, т.е. 1 файл формата jpeg.

На выходе мы получаем грубо говоря текствый файл, состоящий из длинной последовательности букв GTAC. А так как геном содержит миллионы этих нуклеотидов, можно представить, какой объем информации содержится в одном образце ДНК.

Короче, расшифровка одного образца занимает примерно полтора терабайта. И 2 недели времени. Для обработки этих данных и нужен отдел биоинформатиков. В общем, мы занимаемся анализом данных, потому что вручную проверить полтора терабайта информации невозможно. Вот такая у меня работа.

Работать нравится. Мне интересно. Узнаю много всякой новой и полезной информации. Приятно почувствовать свою причастность к чему-то общественно полезному для науки и человечества в целом. У нас почти каждый день случаются какие-нибудь конференции, воркшопы, мастер-классы или лекции, на которые можно и даже иногда нужно ходить. Не каждый день, конечно, но пару-тройку раз в месяц вполне.

Я уже побывала на 1 большой конференции - Swedish Bioinformatics Workshop - которая в этом году проходила в Стокгольме. Там было много всяких умных чуваков из Швеции, Дании и Исландии, которые рассказывали про свои проекты. В общем из всего этого я поняла не сильно много, т.к. было много непонятных биологических слов. Но зато получила много хороших впечателений, а главное, завела контакты с людьми.

Еще я поняла, что мне повезло с работой, и это именно та область, в которой я хочу работать. По крайней мере пока.

2 комментария:

  1. Есть ещё замечательный сайт meetup.com там есть разные сообщества и не только IT :)

    ОтветитьУдалить